Progetto INSTAND-NGS4P

MEDIZINISCHE UNIVERSITAT GRAZ, AUSTRIA
DIN DEUTSCHES INSTITUT FUER NORMUNG E.V., GERMANY
UNIVERSITA DEGLI STUDI DI FIRENZE, ITALY
ERASMUS UNIVERSITAIR MEDISCH CENTRUM ROTTERDAM, THE NETHERLANDS
ST. ANNA KINDERKREBSFORSCHUNG, AUSTRIA
UNIVERSITA’ DEGLI STUDI DI MILANO-BICOCCA, ITALY
THE UNIVERSITY OF LIVERPOOL, UK
EUROPEAN CANCER PATIENT COALITION, BELGIUM
BioXpedia A/S, DENMARK
CHRISTIAN-ALBRECHTS-UNIVERSITAET ZU KIEL, GERMANY
FEDERZIONE ITALIANA DELLE ASSOCIAZIONI DI VOLONTARIATO IN ONCOLOGIA, ITALY
ORGANISATION OF EUROPEAN CANCER INSTITUTES, BELGIUM
THE UNIVERSITY OF MANCHESTER, UK
INTERNATIONAL PREVENTION RESEARCH INSTITUT-IPRI MANAGEMENT, FRANCE
UNIVERZA V LJUBLJANI, SLOVENIA
TECHNISCHE UNIVERSITAET MUENCHEN, GERMANY
CENTRE ANTICANCEREUX LEON BERARD, FRANCE
HELSINGIN YLIOPISTO, FINLAND

Obiettivo generale

Instand-NGS4P è un progetto PCP di 60 mesi (Ora 65) che riunisce 7 principali centri medici (due di questi coordinatori di ERN) come acquirenti " gruppo con una grande esperienza nell'uso di diverse piattaforme NGS nella ricerca e nella diagnostica di routine. Il consorzio è ulteriormente rafforzato dai gruppi europei di difesa dei pazienti, da un'organizzazione di normalizzazione e dai partner che partecipano al programma Infrastrutture europee BBMRI-ERIC, ELIXIR e diversi programmi UE relativi a NGS per coprire tutti gli aspetti tecnici e bisogni e requisiti trasversali. Spinto dalle esigenze cliniche e dei pazienti, flussi di lavoro innovativi NGS da campioni preanalitici nel processo decisionale medico saranno sviluppati. La progettazione modulare del flusso di lavoro consentirà in particolare ai SEM di contribuire e fornire flessibilità per adattarle alle esigenze e alle tecnologie degli utenti emergenti. Le specifiche riguarderanno le normative requisiti per IVD e fare riferimento a standard internazionali e richiederanno lo sviluppo di materiali di riferimento e attuazione di schemi di EQA che coprono l'intero flusso di lavoro. I fornitori di R&S saranno selezionati in base a un bando di gara pubblico lungo questo processo PCP in 3 fasi secondo la soluzione con il miglior rapporto qualità-prezzo. Le 3 fasi prevedono l'effetto leva di 4 moduli tecnici (pre-analisi, sequenziamento, bioinformatica, e-reporting / e-medicine) e loro interfacce standardizzate - dalla progettazione (Fase 1) ai prototipi (Fase 2) e la piena integrazione nella Fase 3. Alla fine, questo PCP fornirà 2 flussi di lavoro NGS integrati e standardizzati per la diagnostica di routine di tumori comuni e rari da adulti a bambini. Per consentire un'ampia implementazione nei sistemi sanitari in tutta Europa e oltre e aumentare i benefici per i pazienti sono previste una serie di attività di supporto, comprese le attività di comunicazione e diffusione rivolte a un ampio stakeholder. E’ previsto lo sviluppo di materiale di formazione e istruzione per operatori sanitari e pazienti.

Obiettivi specifici

Al fine di ovviare alle carenze affrontate dal gruppo dell'acquirente, questo PCP intende condurre allo sviluppo di un flusso di lavoro NGS completamente integrato e standardizzato integrato con soluzioni per la comunicazione dei risultati, per facilitare il processo decisionale per i pazienti. Questo flusso di lavoro sarà progettato e specifico in base alle esigenze dei pazienti e dei medici e dovrebbe migliorare il rapporto costi-benefici per promuovere un ampio accesso in tutti i sistemi sanitari europei.

Obiettivo 1: aumentare il beneficio clinico e l'utilità dei costi della diagnostica basata su NGS. Le condizioni mediche che guideranno la progettazione e la definizione delle specifiche NGS saranno i tumori comuni e rari negli adulti, negli adolescenti e nei bambini; pertanto si prevede che la soluzione generata affronterà sia un ampio spettro di esigenze mediche rimaste insoddisfatte e avrà rilevanza anche per altre malattie. Questo obiettivo sarà raggiunto estendendo sostanzialmente i pannelli esistenti per i tumori comuni per incorporare alterazioni genetiche rilevanti per i tumori rari. Inoltre, le varianti farmacogenomiche utilizzabili (varianti genetiche con un impatto accertato sulla farmacocinetica o farmacodinamica) saranno incorporate nel panel insieme alle varianti correlate al cancro. Queste varianti farmacogenomiche saranno utili per i pazienti che richiedono farmaci di supporto (ad es. Analgesia, antiemetici) e quelli che non possono beneficiare di terapie mirate ma richiedono una chemioterapia classica (ad es. Terapia a base di fluoropirimidina, irinotecan). Questo perché le varianti farmacogenomiche sono associate all'efficacia e / o alle reazioni avverse ai farmaci per queste classi terapeutiche, e quindi la conoscenza delle varianti farmacogeniche di un paziente migliorerà la precisione delle prescrizioni ricevute. Inoltre, test farmacogenomici completi saranno rilevanti per i pazienti in quanto sviluppano altre condizioni (ad es. Malattie cardiovascolari) più avanti nella loro vita, aggiungendo ulteriore valore al test NGS originale. È importante sottolineare che questo approccio combinato sfrutta l'opportunità di includere varianti aggiuntive nei pannelli genici NGS con solo costi aggiuntivi minori per dosaggio. Nel complesso, la combinazione del test del gene del cancro e del farmacogene nel contesto della diagnosi primaria del cancro si baserebbe su sistemi di rimborso consolidati e allo stesso tempo fornire importanti informazioni aggiuntive per la cura completa del paziente oltre alle terapie mirate.

Obiettivo 2: migliorare la qualità e l'affidabilità dei test diagnostici NGS, in particolare riducendo i rischi di errori e pregiudizi diagnostici, nonché soddisfacendo i requisiti di standardizzazione e regolamentazione dei dispositivi medici di diagnostica in vitro. In questo contesto, verranno considerati gli standard ISO e CEN esistenti, nonché gli standard in fase di sviluppo per definire i requisiti per la gara da pubblicare nel contesto di questo progetto. Le lacune specifiche di NGS identificate in questi standard saranno discusse con il Comitato europeo per la standardizzazione (CEN) e l'International Standards Organization (ISO) al fine di esplorare e avviare nuove attività di standardizzazione e / o revisione delle norme esistenti. Un aspetto generale del miglioramento delle prestazioni di un test NGS è che, non solo verranno valutati i singoli reagenti, kit e strumenti, ma verrà data enfasi all'integrazione e alla valutazione congiunta di interi flussi di lavoro pre-analitici, analitici e post-analitici. Flussi di lavoro completi e completamente integrati, standardizzati, specificati, verificati e validati miglioreranno notevolmente la qualità dei risultati NGS, ad es. minimizzando i pregiudizi e gli errori introdotti dai singoli componenti del flusso di lavoro e migliorando la ripetibilità, riproducibilità e solidità per facilitare l'ottenimento della certificazione / autorizzazione IVD e per ridurre in modo significativo l'onere dell'implementazione da parte degli utenti.

Obiettivo 3: migliorare la qualità dei risultati dei test NGS. Si prevede di collegare i risultati attuabili di geni cancerosi, geni di risposta ai farmaci ("farmacogeni") e strumenti di e-medicine esistenti che forniscono informazioni sulle interazioni farmacologiche. Tale integrazione di informazioni pertinenti alla prescrizione genetica e non genetica non è attualmente disponibile e pertanto apre nuove opportunità per la traduzione dei risultati di NGS nel processo decisionale medico. Poiché queste informazioni devono essere rese disponibili ai medici al posto letto e comunicate ai pazienti, la chiarezza e la validità di tutte le informazioni fornite sono essenziali.

Ma cosa significa NGS per un paziente?

L’applicazione della NGS consente l'analisi e l'interpretazione dettagliata del genoma umano. NGS è una nuova tecnologia per sequenziare l’intero il genoma, l’insieme del patrimonio genetico di ogni  individuo, o una parte di esso.

 Le informazioni genetiche risiedono  nella struttura dell’acido desossiribonucleico ( DNA ) costituito da una sequenza di 4 “lettere” corrispondenti a 4 nucleotidi: A (adenosina), T (timina), C (citosina) e G (guanina), con un ordine prestabilito. Il DNA viene estratto dalle cellule del sangue e da quelle dei campioni di tessuto ( biopsie ). Codifica tutte le nostre informazioni ereditarie contenute in circa 22.000 geni, che caratterizzano la persona che siamo. Il sequenziamento  serve a determinare l’ordine con il quale i nucleotidi del DNA di un gene si susseguono. Tale informazione, se  confrontata con lo stesso DNA di persone di riferimento, evidenzia l’eventuale presenza di un “errore”  nella sequenza dei nucleotidi, la cosiddetta mutazione. La procedura della NGS consente l'identificazione della presenza di mutazioni e quindi la dimostrazione che una persona non ha la stessa sequenza del DNA di riferimento. 

Tali mutazioni possono essere prive di qualsiasi significato  ma possono anche fornire informazioni di grande valore dal punto di vista diagnostico per medici e genetisti. Le mutazioni, infatti, possono causare malattie e fornire informazioni sulla possibilità che un paziente sia in grado di rispondere ad uno specifico farmaco e sul suo meccanismo di azione. Dalla conoscenza della sequenza del DNA dei malati e dal confronto e dalla condivisone di specifiche mutazioni diventa anche  possibile capire se una medicina può funzionare o meno. Siamo nell’ambito della ricerca farmaco genetica: l'interazione tra genetica e farmacologia. 

Quando i clinici medici usano i dati farmacogenetici per prendere decisioni in merito alla terapia significa che esistono informazioni sulla risposta positiva ad uno o più farmaci da parte delle cellule tumorali aventi una specifica mutazione. Tali informazioni rappresentano una importante opzione per decidere il migliore trattamento. Se al momento della diagnosi si conosce l’esistenza di determinate mutazioni è possibile prevedere la risposta positiva o negativa del paziente ad uno specifico  farmaco e pertanto  la scelta  della terapia  risparmierà  al paziente gli effetti collaterali di terapie incapaci di bloccare le cellule tumorali.

Che cos’è il PCP?

Gli appalti pre - commerciali (PCP) sono appalti di soli servizi di ricerca e sviluppo al fine di acquistare il prodotto o il servizio non presente ancora sul mercato; il prodotto/servizio verrà acquistato successivamente mediante un appalto pubblico.

Ruolo di Favo nel progetto

WP5: Collaborazione nella produzione di una strategia di diffusione e valorizzazione e di un piano di comunicazione e social network, portale web e mobilitazione dei media. Garantire l'inclusione dei pazienti e delle esigenze e aspettative della società civile nelle piattaforme NGS-Farmacogenomica per la diagnosi di routine. Adattamento degli strumenti esistenti per la consultazione dei pazienti e azione di messa in rete con tutte le parti interessate. Collaborazione nelle indagini sulle esigenze dei pazienti e sul loro impegno e nell'attuazione delle linee guida per l'istruzione e la formazione fornendo input e contatti con i pazienti e le associazioni della società civile per la loro diffusione.

WP6: Contributo all'individuazione di strategie appropriate per potenziare le decisioni dei pazienti nei consensi informati e comprendere l'impatto delle informazioni genomiche sull'identità individuale. Collaborazione allo sviluppo del codice di condotta per la consulenza genomica / genetica dal punto di vista dei pazienti. Consulenza per garantire l'equità e l'equità nella fornitura del servizio e l'accesso ai benefici delle tecnologie genomiche. Contributo allo sviluppo di politiche di gestione dei dati al fine di garantire una gestione responsabile dei dati.

Fa parte dell’Advisory Board Etico: Roberto de Miro d´Ajeta